技术快报:LightBench(全自动核酸电泳分析回收系统)助力ccfDNA检测研究

循环游离dna(circulating cell-free dna,ccfdna)是人及动植物体液中、在细胞外,处于游离状态的dna 分子。作为一种非入侵性的疾病诊断标志物,ccfdna的检测有望替代目前的侵入性方法,在早期实现疾病的诊断和监控。因此ccfdna在在液体活检领域掀起一阵新风暴。
来源于肿瘤细胞的ccfdna又称为循环肿瘤dna(circulating cell-free dna,ctdna)。ctdna含量与肿瘤进展阶段密切相关,准确检测ctdna含量对肿瘤诊断和治疗有十分重要的意义。然而相较于全部ccfdna,血液里ctdna的含量很少,表现为非常低的等位基因频率。因此,通过pcr和三代测序的方法检测超低浓度的ctdna时,产生误差的概率大大增加。的科研工作者就如何降低这类误差做出了许多探索。近日,美国科学家借助lightbench全自动核酸凝胶电泳成像分析回收系统,并将应用发表了文献《automated size selection for short cell-free dna fragments enriches for circulating tumor dna and improves error correction during next generation sequencing》。研究指出,通过提取较短片段的ccfdna可以提高ctdna的基因频率,从而实现ctdna的富集并且减少pcr和测序结果的误差。
lightbench能对每个泳道电压独立控制,可使得从25bp至基因组大小的目标片段同时到达回收孔,从而实现全自动富集回收。基于lightbench的这一功能,研究人员对黑色素瘤患者的ccfdna富集回收分析,分离得到了较小片段的ccfdna,并通过后续pcr及测序证实了此方法可以准确且可重复地分离目标片段大小ccfdna。
接下来,研究人员对分离得到的较短片段的ccfdna进行研究,对其中的目标ctdna进行pcr扩增和测序,检测ctdna含量。结果显示,较短片段的ccfdna亚群中,ctdna含量相对较高,实现了富集。
并且,研究人员对健康患者富集后的ctdna和未经过富集的ctdna进行了检测,并统计假阳性概率。结果显示较高的ctdna含量可以减少结果的误差。
综上所述,基于lightbench全自动核酸凝胶电泳成像分析回收系统,研究人员分离得到了较短片段的ccfdna,并实现了ctdna的富集。从而降低肿瘤液体活检过程中出现假阳性结果的概率,提高了肿瘤筛查和诊断准确性,大大提高了将这些研究结果转化为临床应用的潜力。
关于lightbench全自动核酸电泳成像分析回收系统
lightbench全自动核酸电泳成像分析回收系统,是coastal genomics公司研发的集电泳图谱分析、片段选择回收、核酸浓度测定三大功能于一体的仪器。可以助您轻松完成枯燥繁琐的琼脂糖凝胶电泳实验!
lightbench采用的ranger technoogy进行全自动凝胶电泳,每次运行可同时分析96份样本,纯化回收12份样本,成像范围从25bp至基因组大小,dna回收率80%以上。同时兼容汉密尔顿机器人液体处理装置,帮助用户提升工作效率,简化工作流程,快速实现高通量核酸分析及核酸片段回收。
普瑞麦迪(北京)实验室技术有限公司于2018年5月正式成为coastal genomics中国区总代,期待进一步推进中国市场核酸研究与检测领域的发展!同时诚邀全国各区合作伙伴与我们携手合作!
lightbench技术优势:
● 精确的片段长度分析:25bp-基因组大小
● 低成本的片段全自动纯化回收
● 高灵敏度检测:200pg-1000ng;
● 高效率:96 个dna片段长度分析<30min
● 全自动样品追踪
● 灵活兼容液体处理装置及核酸定量试剂
lightbench可应用于以下应用领域
● 三代测序
● cfdna富集
● 液体活检
● 考古等稀有dna富集
·基因合成
·基因克隆
·基因测序
·基因分型
·核酸定量分析
·限制性片段长度分析

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