支原体模式图自1956年研究人员在细胞培养中发现支原体污染以来,支原体污染问题无处不在。[1]支原体污染非常不易察觉。有的实验室被支原体污染后,如果不进行有效的支原体检测并清除,该实验的细胞培养很难进行下去,细胞传代3代以后状态就急剧下滑,无法进行正常实验,甚至需要更换细胞间。综合fda、美国模式菌种收集中心(atcc)等机构收到的相关数据,世界各国细胞系支原体污染的平均比例为30-60%。[2]一项来自宾夕法尼亚大学的研究显示,在ncbi的2012-2013年的geo项目中,约11%含有支原体污染[3],支原体污染已经成为细胞培养工作中的问题之一。
支原体污染细胞的后果
支原体污染是个循序的过程,因其没有细胞壁,普通抗生素对其无效[4]。根据已发表的支原体污染研究文献,支原体污染细胞后,几乎能影响每一个细胞参数。其可能导致细胞染色体的异常和损伤,改变细胞的代谢、生长、形状、附着,甚至会影响到基因表达。此外,支原体污染能耗尽营养物,促进代谢积累,重度支原体污染还将导致培养基ph改变。
为了全面了解支原体污染情况,来自加州大学的john hogenesch教授获得了九千多份样本的rna测序数据,这些样本来自于2012年-2013年间哺乳动物细胞的基因表达研究[3]。john在测序数据中寻找支原体dna,结果发现11%的样本都受到了支原体的污染。
据john表示,支原体dna水平的一些研究,曾发表在cell、nature和pnas等杂志上。虽然支原体污染并不一定意味着这些研究结果无效,但这种微生物会影响数百个基因的表达,并与细胞竞争营养阻碍细胞的生长。在其中一组淋巴瘤细胞受污染的数据中,john鉴定出了61个被支原体改变的基因。由此可见,支原体感染能在不知不觉中干扰研究结果,浪费大量的科研资金和宝贵的时间——john的实验室曾遇到过一次支原体污染,虽然问题很快得到解决,但仍然浪费了大约十万美元和一年的研究。
在细胞培养的各个环节,都容易受到支原体污染,比如操作人员的疏忽、培养基更换时操作不规范、细胞在实验室间流通时缺乏质控等,由于细胞受到支原体污染时形态不易发生变化,因此很难通过简单观察辨别细胞是否收到了污染,等到发现细胞感染了支原体时,已经为时已晚。
支原体检测方法对比
最近十年里,有两种经典的方法被用于常规支原体检测,它们的灵敏度和可靠性已经获得了证实:培养法和指示细胞培养法。在过去几年里,支原体检测对速度快、灵敏度高且稳健性高的需求日益增加。
在分子检测技术出现之前,传统的培养方法一直是微生物检测的金标准,迄今为止,范围内仍将它作为支原体常规检测方案。不同于培养法,指示细胞培养方法通过对培养物的dna染色来判断是否存在支原体生长。可用于某些“挑剔”的支原体检测,因为这些支原体不能在用于培养方法的标准培养基中生长。
除了以上两种药典认证的方法外,目前实验室常用的方法还有dna荧光染色法、pcr扩增技术、环介导的等温扩增法等。通常需要一种操作简单,耗时较短,灵敏度较高,结构准确的方法以应对日常检测的需求,其中pcr扩增技术、环介导的等温扩增法以耗时短见长,而dna荧光染色法和生长抑制试验因操作简单受到青睐,以下是各种方法的优势对比。
几种检测方法对比
一般来说,新的细胞株都需要做支原体检测,细胞培养期间,建议每1-2周进行一次支原体检测以防止污染。以上列举的检测支原体方法各有优势,但是即便通常被认为是“金标准”的培养法,也可能会漏掉某些需要特殊培养条件的“精挑细选”的支原体。因此,在实验室的日常研究需求中,需要一种快速、全面的检测方法以应对日常的检测需求。
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支原体检测试剂盒专属性、检测限和耐用性这3个方面特性均符合要求,可替代培养法,用于细胞存储库、细胞治疗用途的细胞和生物制品过程中的支原体污染检测。
应用场景:日常监控
实验室定期监控细胞培养过程中是否发生了支原体污染;
经过了细胞培养过程,即便初始污染的量很少,支原体也会在培养过程中迅速增殖;
每隔3-5个工作日进行定期质控,支原体的数量已经增殖到非常巨大的量。即便不抽提核酸,也可以非常准确地鉴定出发生了支原体污染。
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