琼脂糖凝胶电泳的原理
琼脂糖凝胶电泳是以琼脂糖为介质,对不同大小的dna 或 rna 实现分离的一种电泳方法。琼脂糖是一种多糖,具有亲水性,但是不带电荷。
使得 dna 在碱性条件下使其带负电荷(ph8.0 的缓冲液),在电流作用下,以琼脂糖凝胶为介质,由负极向正极移动,根据不同的 dna 分子片段的大小和形状不同,在电场中泳动的速率也不相同,同时在样品中加入染料能够和dna 分子间形成络合物,经过紫外照射,可以看到 dna 的位置,从而达到分离、鉴定的目的。
如何选择琼脂糖凝胶的浓度
目的产物大小80bp的片段,你可以用2.0%的琼脂糖凝胶进行电泳,琼脂糖以及tae的量的多少,首先与你跑得样品的个数有关,因为你样品的个数决定了你胶槽的体积,胶槽的体积决定了你的tae的量,决定了琼脂糖的量,比如说你胶槽的体积是20ml, 那么你要配2.0%的胶,就需要20ml的tae和0.4g的琼脂糖。
做胶的时候要注意一定要让琼脂糖充分溶解,可以煮沸,同时也要注意煮沸的过程中tae的蒸发,我第一次做胶的时候,用烧瓶煮沸差点都蒸发光了;再就是加eb的时候以不烫手为标准,因为高于70度时eb会升华蒸发,过于冷却了会使eb的浓度不均;因为eb为致癌物质,所以操作时一定要注意做好自我保护;再就是胶槽要洗干净,梳齿一定要放正,免得跑出来的带不整齐。
跑胶的时间和电压成反比,电压和电泳槽两个电极之间的距离成正比,一般是小于5v/cm. 因为你的片段很小,所以很有可能和引物二聚体无法区分,所以你再跑电泳时时间应该适当延长一些,可以使溴芬兰指示条带跑过胶的2/3处,因为时间长了,因物二聚体就会跑没了,而目的产物不会。
琼脂糖凝胶电泳注意事项
底板一定要用胶带封紧,否则灌胶时凝胶会漏出。可以在灌胶时先倒少量凝胶在交界处,利用凝固的凝胶将其封紧。
梳子一定不能插到底部,应距离底部1-2mm,否则拔梳子时容易弄破凝胶,导致漏胶,加热时应注意不要让琼脂糖沸腾得太厉害,稍稍沸腾至溶液清凉,即其全部溶解即可,过度沸腾会导致凝胶实际浓度的提高。
将凝胶放入电泳槽时要注意极性,不要正负极颠倒。要注意撕去两端的封带,凝胶的浓度与待分离的dna的大小有关。一般浓度为1%,低浓度的胶特别易碎,要注意。
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